Az APEH szervezetében 2010. október 1-jével visszaáll  korábbi megyei szervezeti struktúra, jelenlegi régiók területén felállításra kerülnek a regionális főigazgatóságok. Az új szervezeti forma célja a regionális szerveződés előnyeinek megőrzése mellett a feladatoknak arra a szintre történő telepítése, ahol azok ellátása a leghatékonyabban biztosítható, azaz az adóztatással összefüggő operatív feladatok adózók közelében, helyi szinten történő megvalósítása.

2010. október 1-jétől módosulnak az Adó- és Pénzügyi Ellenőrzési Hivatalról szóló 273/2006. (XII. 23.) Korm. rendelet (továbbiakban: APEH Korm. rendelet) szervezeti struktúrát meghatározó rendelkezései.

Az új szervezeti forma célja a regionális szerveződés előnyeinek megőrzése mellett a feladatoknak arra a szintre történő telepítése, ahol azok ellátása a leghatékonyabban biztosítható, azaz az adóztatással összefüggő operatív feladatok adózók közelében, helyi szinten történő megvalósítása.

2010. október 1-jével az elsőfokú adóhatósági feladatok ellátására visszaáll a korábbi megyei szervezeti struktúra, ezzel egyidejűleg a másodfokú adóhatósági feladatok elvégzésére - az elsőfokú adóhatósági tevékenység törvényességének hatékonyabb biztosítására - a jelenlegi régiók területén felállításra kerülnek a regionális főigazgatóságok.

A szervezeti átalakításokat követően az APEH feladatait központi szervei, területi szervei és a Kiemelt Ügyek és Adózók Főigazgatósága útján látja el. Az APEH központi szervei a Központi Hivatal, az Informatikai Intézet (volt Számítástechnikai és Adóelszámolási Intézet-SZTADI) és az Oktatási Intézet.

2010. október 1-jétől az APEH területi szervei a regionális főigazgatóságok és a megyei (fővárosi) igazgatóságok az alábbiak szerinti megosztásban.

Az APEH regionális főigazgatóságai:

• a főváros és Pest megye területén Budapest székhellyel az APEH Közép-magyarországi Regionális Főigazgatósága,

• Borsod-Abaúj-Zemplén, Heves és Nógrád megye területén Miskolc székhellyel az APEH Észak-magyarországi Regionális Főigazgatósága,

• Hajdú-Bihar, Jász-Nagykun-Szolnok és Szabolcs-Szatmár-Bereg megye területén Debrecen székhellyel az APEH Észak-alföldi Regionális Főigazgatósága,

• Bács-Kiskun, Békés és Csongrád megye területén Szeged székhellyel az APEH Dél-alföldi Regionális Főigazgatósága,

• Győr-Moson-Sopron, Vas és Zala megye területén Győr székhellyel az APEH Nyugat-dunántúli Regionális Főigazgatósága,

• Fejér, Komárom-Esztergom és Veszprém megye területén Székesfehérvár székhellyel az APEH Közép-dunántúli Regionális Főigazgatósága,

• Baranya, Somogy és Tolna megye területén Pécs székhellyel az APEH Dél-dunántúli Regionális Főigazgatósága.

Az APEH igazgatóságai:

• a fővárosban

  • az Észak-budapesti Igazgatóság Budapest I., II., III., IV., V. és XIII. kerületei,

  • a Kelet-budapesti Igazgatóság Budapest VI., VII., VIII., X., XIV., XV., XVI. és XVII. kerületei,

  • a Dél-budapesti Igazgatóság Budapest IX., XI., XII., XVIII., XIX., XX., XXI., XXII. és XXIII. kerületei, területén, Budapest székhellyel.

• a megyékben a megyei igazgatóságok a megyeszékhellyel azonos székhellyel, Pest megyében Budapest székhellyel;

• a Kiemelt Ügyek Igazgatósága és a Kiemelt Adózók Igazgatósága.

A fentiekben foglaltak alapján a megyei igazgatóságok elnevezése - az alábbi példákon keresztül bemutatva - a következők szerint alakul:

• Budapesten pl.: Adó- és Pénzügyi Ellenőrzési Hivatal Közép-magyarországi Regionális Főigazgatóság Észak-budapesti Igazgatósága

• vidéken pl.: Adó- és Pénzügyi Ellenőrzési Hivatal Dél-alföldi Regionális Főigazgatóság Bács-Kiskun Megyei Igazgatósága

A jövőben az APEH hatáskörébe tartozó hatósági ügyekben első fokon az igazgatóságok járnak el, az igazgatóságok által első fokon hozott döntések tekintetében a főigazgatóságok, a főigazgatóságok által első fokon hozott döntések tekintetében az APEH elnöke jár el másodfokon.

2010. október 1-jétől a Kiemelt Adózók Igazgatósága (KAIG) kizárólag a kiemelt adózók kijelöléséről, valamint az adóteljesítmény számítási módjáról és az alkalmazásával megállapított értékhatárokról szóló 37/2006. (XII. 25.) PM rendeletben foglalt feltételeknek megfelelő kiemelt adózók és a csoportos áfa adóalanyok adóügyeiben jár el.
Az APEH Korm. rendelet 15. §-ában meghatározott, korábban a KAIG-hoz tartozó egyéb feladatokat (pl.: belföldön nem letelepedett adóalanyok, diplomáciai és konzuli képviseletek tagjai áfa visszatérítése, rendvédelmi szervek, nemzetbiztonsági szolgálatok köztisztviselői és közalkalmazott adóügyei, APEH alkalmazottak adóügyei) új igazgatóság, a Kiemelt Ügyek Igazgatósága látja el. Ugyancsak a Kiemelt Ügyek Igazgatósága folytatja le az APEH elnöke által elrendelt központosított ellenőrzéseket is.

A Kiemelt Adózók Igazgatósága és a Kiemelt Ügyek Igazgatósága által, első fokon lefolytatott hatósági ügyekben felettes szervként a Kiemelt Ügyek és Adózók Főigazgatósága jár el. A Kiemelt Ügyek Igazgatósága, a Kiemelt Adózók Igazgatósága valamint a Kiemelt Ügyek és Adózók Főigazgatósága az APEH különös hatáskörrel rendelkező szervei, amelyek a hatáskörükbe utalt ügyekben országos illetékességgel járnak el.

A szervezet három szintűvé alakulása tehát leginkább a hatósági tevékenységet érinti.

2010. október 1-jén folyamatban lévő első fokú eljárásokat már az új szabályok szerint illetékes megyei igazgatóságok, míg a másodfokú eljárásokat a regionális főigazgatóságok folytatják le (fejezik be).

Az APEH Közép-magyarországi Regionális Igazgatóságán 2010. szeptember 30-án első fokon folyamatban lévő illeték ügy tekintetében 2010. október 1-jétől az APEH Közép-magyarországi Regionális Főigazgatóság illetékességi területén működő valamennyi megyei (fővárosi) igazgatóság illetékes, közülük az eljárást az folytatja le, amely 2010. szeptember 30-át követően az ügyben az első eljárási cselekményt tette.

Az állami adóhatóság mindent megtesz annak érdekében, hogy a feladatok zökkenőmentes ellátása folyamatosan biztosított legyen és a szervezeti átalakulással összefüggésben az ügyfeleket semmilyen hátrány ne érje.